Autonomie de la comptabilité analytique
Les informations traitées par la comptabilité analytique sont en grande partie les mêmes que celles de la comptabilité générale. Cependant, pour éviter les interférences, les deux comptabilités sont séparées. Cette séparation est renforcée par le Plan comptable général de 1999 qui exclut la comptabilité analytique de son champ d'application et rend caduque l'utilisation de la partie double et des comptes réfléchis (par ex. classe 9 des anciens PCG). Ceux-ci permettaient le passage d'une comptabilité à l'autre tout en maintenant l'autonomie de chacune...
Cette indépendance n'exclut pas la nécessité d'établir une concordance rigoureuse des deux comptabilités à des fins de contrôle.